佛山市第二人民医院专科实力雄厚，危急重症诊疗水平处于专业行列。设临床科室47个（其中一级临床科室18个、二级临床科室29个）、医技科室15个。其中，拥有专业级临床重点培育专科1个（眼科）、国家中医药管理局级医学重点专科培育项目1个（耳鼻咽喉科），省级临床重点专科3个（眼科、耳鼻咽喉科、口腔医学科）。耳鼻喉科、口腔科、心血管内科、眼科、麻醉科、临床药学科被认定为佛山市十四五高水平医学重点专科；普通外科、骨科被认定为佛山市十四五医学重点专科；呼吸内科、肝胆外科、护理被认定为佛山市十四五培育医学重点专科。医院整合学科优势，成功打造多个专业级中心——胸痛中心、房颤中心、心衰中心、高血压达标中心、心脏康复中心、高级卒中中心建设单位。佛山市眼科精准医疗工程技术研究中心、佛山市临床医药研究中心、佛山市企业博士后站临床综合实验室、佛山市眼科研究所、佛山市防盲办公室、佛山市低视力康复指导站、广东省红十字眼角膜捐献中心佛山工作站等也设在我院。

口腔医学科是广东省重点专科、佛山市高水平医学特色专科和我院重点特色专科。在学科带头人杜兵博士、主任医师的带领下，不断开展临床新技术、新方法的科学研究，以科技促进发展，以创新促生存，研制出多项国内独创新技术、新方法。在本地区甚至省内、外享有较高的声誉，吸引众多国内、外患者专程前来就医。

口腔种植修复专科是佛山市十三五高水平重点专科，近20年来一直走在佛山市的前列，为广大受缺牙、美牙困扰的市民带来个性化的解决方案，不仅恢复患者的正常咀嚼功能，更是兼顾美观。专科顺应国外上较新的修复学理念，于我市依次全面开展数字化修复技术，做到牙体缺损修复嵌体化，牙列缺损修复固定化，残根、残冠保存化，修复材料仿生化和修复体制作的高科技化，得到患者们的高度信赖和广泛赞誉。此外，口腔种植开展无痛、微创的数字化种植牙新技术，使患者在没有痛苦的情况下，轻松获得“人体第三副牙”。由于我中心种植修复的特色，使佛山坊间流传一句话：“镶牙种牙到市二”。

口腔正畸专科不仅开展青少年一期功能矫形治疗项目，有效阻断和预防错颌畸形的发展；同时还开展二期正畸矫治，除采用国外专业的自锁托槽外，还引进数字化扫描成型，开展个性化精准托槽及无托槽隐形矫治技术，配合种植支抗技术治疗牙列拥挤、凸面型以及牙性反牙合等多种错颌畸形。接诊并成功矫治很多在其他医院矫治失败的患者，取得良好的信誉。在成人高难度的错合骑形矫治方面也达到国内专业水平。

牙周专科开展牙周基础治疗和牙周序列治疗项目，通过龈上洁治和龈下刮治等基础治疗，改善牙龈红肿、出血、牙周溢脓等常见牙周炎症状；通过牙周翻瓣清创手术、根分叉病变手术、牙周植骨术、引导组织再生术等牙周手术彻底清除感染，恢复牙周组织的健康，促进牙周组织的再生，取得了良好疗效。

儿童牙科秉承国外理念，提倡儿童保健预防，运用新型材料进行涂氟治疗、窝沟封闭，同时进行常规乳牙牙体牙髓的治疗、间隙保持器制作、不良口腔习惯破除等。

口腔颌面外科疾病的诊治，如：口腔颌面感染性疾病：智齿冠周炎、皮肤疖痈、颌骨骨髓炎；颌骨囊肿；涎腺疾病：颌下腺舌下腺导管结石病、涎腺炎、涎腺良恶性肿瘤；颌骨畸形的正颌手术；口腔颌面淋巴血管畸形硬化剂治疗；颞下颌关节疾病（功能紊乱、关节内外强直等）治疗；口腔癌（唇、舌、颊、牙龈、口咽癌等）的手术及修复治疗；颌面软硬组织缺损血管化皮瓣的修复手术治疗；颌面外伤骨折（上颌骨、下颌骨、颧骨颧弓、鼻骨等）整复手术。