眼科是在安徽医科大学的前身----东南医科大学成立时就建立的专科，伴随着安徽医科大学的发展而发展，一同经历了80年的风风雨雨。目前，眼科拥有2个独立病区、独立手术室，设置病床48张，并设有安徽医科大学眼科研究所和眼科激光研究治疗中心，拥有专业的医疗设备、人才济济，18名医师中教授、主任医师9人，副教授、副主任医师 4人，其中博士生 5人，硕士生 8人。2004年门诊为82305人次，大小手术4487台，年住院1358人次。

眼底荧光素血管造影、YAG激光治疗前节眼病、氩激光治疗眼底病、角膜移植术、超声乳化或小切口白内障摘出人工晶体植入术、玻切手术、眼眶手术、眼部整形等技术水平均处于省内优秀，全国专业行列。科室的发展壮大，不仅突出地反映了以张锡祺、李同济等老一辈专家教授救国救民、无私奉献的高尚情怀，也有力地见证了眼科全体同仁献身医学、尽职尽责的进取精神。科室的成长历史，不但体现了安徽医科大学的成长脚步，也间接地体现了中国这80年来翻天覆地的巨大变化。