眼科是湘南地区较早的专业眼科，南华大学重点学科。现有教授（主任医师）5名、副教授（副主任医师）5名，硕士研究生导师7名。开放住院病房床位47张；设有角膜眼表疾病、白内障、青光眼葡萄膜病、眼视光（验光配镜与准分子激光治疗近视）、斜弱视、眼底病、眼眶眼肿瘤、眼睑泪器病等8个专业。

六十年的专业眼科沉淀，使附二眼科创造了湘南地区眼科太多的第一。第一例角膜移植、第一例人工晶状体植入术、第一例白内障超声乳化、第一例放射状角膜切开治疗近视、第一例准分子激光角膜屈光手术治疗近视、第一例眼前段重建、第一例泪小点栓塞术……。目前眼科已经全面开展了各种高难度的白内障手术、青光眼手术、角膜移植术、玻璃体切割术、复杂视网膜脱离复位术、复杂斜视矫正术、准分子激光治疗近视、验光配镜、眼睑泪器手术、眼眶肿瘤摘除术、眼底荧光血管造影、眼底激光、YAG激光、OCT检查、视觉电生理检查等一系列高新项目，技术居湘南地区优秀国内专业水平。

专业的设备为新技术、新项目的开展提供了雄厚的保障。现本科室拥有湘南地区较专业的鹰视1009准分子激光治疗系统、Alcon公司超声乳化仪、眼底血管荧光造影仪、Zessi及TOPCON610型治疗显微镜、玻璃体切割仪、532半导体及Nd:YAG激光治疗仪、TOPCON综合验光仪、波前像差仪、角膜地形图、视觉电生理仪、OCT、眼A/B超等价值数千万元的眼科检查与治疗专用设备

目前科室承担了各类科研课题20余项，获国家知识产权局发明专利、教育部科技进步一等奖、中华医学科技奖二等奖、省科技进步二等奖各1项，省科技进步三等奖2项，在国内外知名刊物发表专业论文200余篇，主、参编专著10余部。已培养硕士生研究生50余名，培养眼科本科生近两千人，遍布全国各地及世界一些国家和地区，主要分布在湖南和广东两省，成为湘粤两省各地（市）级医院的眼科骨干力量与学科带头人，其中有40余人在国内知名医院和科研院所被遴选为青年骨干教师、学术带头人、博士、硕士研究生导师，在眼科领域取得重要成果。